Le vicende di Utena ruotano intorno alla protagonista principale del manga e dell'anime, Utena Tenjō appunto, un vero e proprio maschiaccio che durante la sua infanzia, dopo aver perso i genitori fu a tal punto impressionata dall'incontro con un misterioso principe da voler diventare un principe lei stessa. Come pegno della promessa di ritrovarla, quel principe regalò ad Utena un anello con su incisa una rosa. Utena frequenta l'Accademia Ōtori, un luogo imprecisato nello spazio e nel tempo, dove un giorno incontra una ragazza di nome Anthy Himemiya, maltrattata da un ragazzo - Kyōichi Saionji - che in principio la stessa Utena ipotizza essere il fidanzato di Anthy. Nonostante ciò, spinta dal suo carattere sempre pronto a difendere i più deboli, Utena interviene a favore di Anthy nel tentativo di proteggerla e si ritrova così coinvolta, suo malgrado, in una serie di eventi sui quali non ha alcun controllo e che, probabilmente, sono da ritenersi predestinati. Infatti, Anthy è la Sposa della Rosa e quando Utena combatte e vince Saionji in duello, pur senza saperlo si ritrova inevitabilmente legata alla giovane ragazza, che viene di volta in volta "vinta" attraverso una serie di duelli, cui possono accedere solo alcuni selezionatissimi membri dell'Accademia, secondo un programma occulto stabilito dal misterioso Confine del Mondo, un'entità che fornisce istruzioni al Consiglio degli Studenti, il circolo dei duellanti. Ciascuno di essi è identificato da un anello recante il simbolo della rosa, proprio come quello ricevuto in dono da Utena quando era piccola, e solo grazie al quale la stessa Utena viene ammessa a duellare. Dal momento in cui le vite di Anthy e di Utena si uniscono a seguito del primo duello, tutta una serie di reazioni a catena hanno luogo nella scuola. Infatti, Anthy è la prescelta e chi l'avrà come sposa al termine degli archi dei duelli otterrà il potere di portare la Rivoluzione nel Mondo. Sono così in molti a desiderare questo potere, al punto da sfidare costantemente Utena nel tentativo di riacquisire il controllo sulla Sposa della Rosa.